Fue hijo y nieto de militares. Su padre fue el general Gregorio Álvarez Lezama, hijo de otro general, quien se desempeñó como edecán del presidente Gabriel Terra. Ingresó en la Academia Militar Nacional en 1940, en la que se graduó como oficial de Caballería (1946-1959). Desarrolló buena parte de su carrera en el Regimiento de Caballería Nº 7, asentado en Santa Clara de Olimar, departamento de Treinta y Tres. De 1960 a 1962 fue jefe de Operaciones de Caballería en la Escuela de Instrucción Militar y, entre 1962 y 1969, de la Guardia Republicana.
Álvarez fue presidente de facto en 1981 y es considerado uno de los principales artífices del golpe de Estado (1973-1985). Durante su gestión al frente del gobierno continuó con la represión hasta que finalmente, forzado por el avance de los sectores políticos opositores en las elecciones internas de los partidos políticos de 1982 y, tras haber perdido gran parte del apoyo de las Fuerzas Armadas para continuar con el régimen dictatorial, accedió a negociar un cronograma electoral, que finalizó con las elecciones legislativas y presidenciales de noviembre de 1984.
Resueltas las elecciones en favor de Julio María Sanguinetti, el candidato del Partido Colorado, Álvarez dimitió el 12 de febrero de 1985, cediendo el poder al entonces presidente de la Suprema Corte de Justicia, Dr. Rafael Addiego Bruno.
En diciembre de 1970 ganó el primer puesto en el concurso realizado para ascender a general y el Senado de la República le otorgó la venia para que, desde el 1 de febrero de 1971 luciera dicho grado.. Ese mismo año, fue designado jefe del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas (Esmaco), organismo a cargo de la coordinación y planificación de las acciones contra la guerrilla.
El 23 de febrero de 1973, meses antes del golpe de Estado, Álvarez fue designado secretario permanente del recién creado Consejo de Seguridad Nacional creado tras el acuerdo de Boiso Lanza, que asesoraba al entonces presidente Juan María Bordaberry (1928-2011).
Al producirse el golpe de Estado del 27 de junio, fue uno de los militares que ingresó en el Palacio Legislativo, junto al general Esteban Cristi, a los coroneles Alberto Ballestrino y Hugo Arregui y al teniente coronel Julio Barrabino.
En 1974 asumió como comandante de la 4ª División del Ejército, trasladándose a Minas. En 1975 fue tomó el cargo de presidente de la Comisión de Asuntos Políticos de las Fuerzas Armadas y en 1978 fue designado Comandante en Jefe del Ejército.
Su ascenso a la Comandancia del Ejército generó divisiones internas en el arma. El 3 de marzo de 1978 dictó la Orden de Servicio Nº 7738 por la cual se subordinaba a su mando la actuación del Servicio de Información y Defensa (SID). La negativa del director del SID, General Amaury Prantl, a tal subordinación derivó en el dictado de una nueva Orden, la Nº 7777, el 3 de julio de 1978, por la que se responsabilizaba de «haber dado la primera orden» como jefe del Esmaco, si hubo «alguna actividad reñida con los derechos humanos». El General Amaury Prantl y su lugarteniente, el Mayor José Nino Gavazzo, pagaron su enfrentamiento con el nuevo Comandante en Jefe con 60 días de arresto a rigor. El 24 de agosto de 1978, por resolución Nº 53/495, fueron pasados a retiro.
En 1979 pasó a retiro y en 1981 forzó al Consejo de la Nación a que lo designara presidente. Asumió el cargo el 1° de septiembre de 1981. Un año atrás se había celebrado el Plebiscito constitucional, en el que el 57% de la ciudadanía rechazó la propuesta de crear un régimen constitucional que legitimara a la dictadura cívico-militar.
El día que asumió como presidente, el diario montevideano El País le dedicó un editorial en el que sostuvo que el discurso del general expresó "un pensamiento en forma sobria y al margen de todo desliz de carácter demagógico, fue mesurado pero no exento de de la inevitable firmeza y energía que requieren los instantes que vivimos".
Álvarez fue acusado de hacer todo lo posible durante su gestión para obstaculizar la salida democrática, que el sector encabezado desde 1984 por el teniente general Hugo Medina (1929-1998) pretendía llevar a cabo.
El 18 de diciembre de 2007, 23 años después de haber dejado la Presidencia de facto, fue detenido por pedido de la fiscal Mirtha Guianze y orden del juez Luis Charles, acusado de torturas, asesinatos y desapariciones de personas durante la dictadura militar.
Su prisión marcó un giro esencial en la aplicación de la ley de caducidad, de acuerdo a la interpretación que de su artículo 4º hizo el presidente Tabaré Vázquez. En octubre de 2009 fue sentenciado a 25 años de prisión por homicidio muy especialmente agravado de 37 desaparecidos.
A mediados de 2015 sufrió un accidente cerebrovascular mientras estaba recluido en la Cárcel de Domingo Arena, donde permaneció tres meses.
En octubre de este año, la Fiscalía de Roma pidió que Álvarez y otros 29 exjefes de Estado y miembros de las juntas militares y los servicios de seguridad de Bolivia, Chile, Perú y Uruguay entre 1970 y 1980 fueran condenados a prisión, por la muerte de 23 ciudadanos de origen italiano dentro del llamado Plan Cóndor, una estrategia de coordinación de acciones y mutuo apoyo entre las dictaduras latinoamericanas de las décadas para perseguir, detener, interrogar, torturar, asesinar y desaparecer a personas consideradas subversivas por los regímenes.
El proceso judicial se lleva a cabo en los tribunales de la tercera sala del Fuero Penal.
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